The Chronicle Herald : Les données amorcent la recherche sur les pommes

Sur le papier, Vinetha Jagadeesan et le professeur de l’Université Dalhousie Sean Myles sont des collaborateurs peu probables sur un projet visant à développer de nouvelles variétés de pommes.

Jagadeesan, 20 ans, est un étudiant de premier cycle en informatique originaire du sud de l’Inde qui passe 12 semaines cet été comme stagiaire dans un verger de pommiers high-tech à Kentville.

Avant de mettre les pieds au Canada pour la première fois il y a six semaines, elle n’avait jamais vu un pommier.

« Je n’avais jamais vu de pommier avant parce que dans ma région, il fait assez chaud et on n’a pas de pommiers », a déclaré Jagadeesan.

Et Myles, professeur adjoint à la faculté d’agriculture de Dalhousie, est, ironiquement, allergique aux pommes.

« Je trouve que j’ai en fait un avantage », dit-il en riant. « Pour moi, quand je regarde le verger de 1 000 variétés, je ne vois pas toutes ces saveurs fascinantes et ce genre de choses, je vois des combinaisons de matériel génétique qu’il faut mélanger en combinaisons spécifiques pour générer quelque chose de désirable selon ce qu’on peut mesurer. »

Les 1 000 variétés de pommes du verger, en collaboration avec Agriculture Canada, sont toutes plantées en double, avec plus de 2 400 arbres dans la collection.

Le fruit est récolté et des données recueillies pour mesurer sa douceur, sa fermeté, son acidité, sa jutasse et son poids.

Jagadeesan passe un certain temps dans le verger, mais la majeure partie de son énergie est consacrée au laboratoire à développer des logiciels pour améliorer les capacités d’analyse de données du laboratoire en incorporant des codes-barres uniques, avec toutes ces informations numérisées et stockées.

« Si on récolte 10 fruits de chaque arbre, ça fait plus de 25 000 fruits chaque année qu’on doit récolter et mesurer », a déclaré Myles.

« Ça fait beaucoup de données, et en les associant à notre base de données de séquences d’ADN, qui contient des milliards de points de données, on veut vraiment que ça ... aussi efficace que possible. »

L’objectif ultime du projet est de développer des outils pour les sélectionneurs qui rendront les variétés améliorées plus efficaces, a déclaré Myles.

« Cela leur permettra de sélectionner la descendance qu’ils engendrent lors de leurs croisements, de pouvoir sélectionner ceux qui sont les plus prometteurs, les gagnants susceptibles de réussir comme Honeycrisp », a-t-il dit. « Nous voulons permettre aux éleveurs de les trouver plus facilement. »

Pour Jagadeesan, qui est à mi-chemin de son stage, cette expérience a été une révélation.

« J’ai beaucoup appris sur la recherche et l’analyse des données, sur la gestion des données, sur leur fonctionnement », a-t-elle déclaré. « Et à part le travail, je n’ai jamais vécu de façon indépendante avant, alors j’ai juste appris à cuisiner... Tout est totalement nouveau pour moi. Alors j’ai beaucoup appris ici. »

Elle fait partie des 22 étudiants internationaux de premier cycle, provenant de pays comme l’Arabie saoudite, la France, la Turquie et le Mexique, qui travailleront à Dalhousie cet été dans le cadre du programme de stages Mitacs Globalink.

Depuis 2009, le programme a jumelé près de 2 000 étudiants de premier cycle avec des universités canadiennes.

Il y a 750 étudiants internationaux qui mènent des recherches dans 45 universités canadiennes cet été, soit une augmentation de 58% par rapport à l’an dernier.

« L’idée est de connecter les étudiants aux universités et aux professeurs à travers des projets de recherche particuliers », a déclaré Alejandro Adem, PDG et directeur scientifique de Mitacs, dans une entrevue depuis Vancouver.

« Les universités canadiennes sont bien équipées pour accueillir d’excellents étudiants, elles ont d’excellents professeurs. Cependant, rivaliser à l’international pour attirer les meilleurs étudiants est toujours un défi, car à l’échelle mondiale, il y a concurrence de tous les grands pays qui cherchent à recruter des étudiants diplômés. »

Jagadeesan a déclaré qu’elle retournera en Inde avec une impression positive de la Nouvelle-Écosse et qu’elle reviendra poursuivre ses études supérieures.

« Ça m’a donné une très bonne exposition mondiale. J’ai l’occasion de voir de première main comment la recherche est menée ici. »

Par : Remo Zaccagna