Projets innovants réalisés

Conception computationnelle pour améliorer l’affinité des ligands peptidiques pour la liaison aux glucides

Les maladies diarrhéiques posent un grave problème mondial, en particulier dans le monde en développement. Shigella flexneri Y, l’espèce la plus mortelle de Shigella, est endémique dans la plupart des pays en développement. Un anticorps, SYA/J6, contre le flexneri Y de Shigella a été développé. Des études ont montré que MDWNMHAA est un peptide faiblement immunogène contre l’anticorps SYA/J6. L’équipe de recherche de Zymeoworks Inc., une société de biotechnologie computationnelle, espère améliorer la liaison de MDWNMHAA à SYA / J6 afin de générer une réponse immunitaire plus efficace. Cela pourrait conduire à un vaccin contre Shigella flexneri Y. Le MITACS Accélération stagiaire, un étudiant au doctorat, modifiera la structure de MDWNMHAA par mutagenèse, qui implique le remplacement d’un acide aminé pour un autre. Elle évaluera et optimisera ensuite les propriétés de liaison des molécules nouvellement conçues à l’aide de simulations de dynamique moléculaire et d’autres outils de calcul. Des conseils et des ressources pour ces études seront fournis par Zymeworks, Inc.

Algorithmes approximatifs pour la reséquenisation du génome humain à l’aide d’un débit élevé court

La variation génétique humaine a été traditionnellement étudiée au niveau du polymorphisme mononucléotidique (SNP). Il est clair que la variation génétique humaine s’étend au-delà du polymorphisme mononucléotidique. De nouveaux projets visant à identifier les variations structurelles ont été lancés grâce à l’utilisation de technologies de séquençage à haut débit. Bien que les nouvelles technologies de séquençage produisent de courtes lectures en ce qui concerne les expériences de séquençage de Sanger, l’objectif de la recherche de différences entre un échantillon et sa référence est de passer de différences basées sur une seule à des variations structurelles. Les méthodes d’analyse existantes se concentrent sur la cartographie des lectures individuelles et ne cherchent pas à être confirmées par d’autres lectures dans les données expérimentales. Par conséquent, ils passent à côté de certains types de variations structurelles, même s’ils sont bien représentés dans l’ensemble de données. Le stage offre une solution à ce problème. La recherche se concentrera sur les données générées par les technologies de séquençage d’une seule molécule, avec un accent particulier sur la plate-forme HellScope, qui a une longueur de lecture non uniforme et un modèle d’erreur particulier dominant avec les indels. Incorporer ces caractéristiques avec un mappage simultané de plusieurs lectures semble être un problème dur NP. L’équipe de recherche utilisera des algorithmes d’optimisation combinatoire spécialisés qui fournissent des solutions approximatives prouvables pour le pire des cas, afin d’identifier les lectures avec des alignements qui se chevauchent. Le stagiaire surveillera les caractéristiques de convergence des calculs multi-mappages et signalera par défaut un sous-ensemble de coordonnées pour les lectures avec une multiplicité de mappage supérieure à un ensemble de seuils.

Analyse des paramètres du système d’aide à la décision

Octothorpe Software est une société de sciences de la décision qui propose des systèmes que les organisations peuvent utiliser pour améliorer leurs performances. Ce projet de stage MITACS ACCÉLÉRATION sera axé sur l’élaboration de nouvelles méthodes et mesures que les organisations peuvent utiliser pour améliorer leur compétitivité. Pour ce faire, on élaborera les procédures, les processus et les outils permettant d’afficher et de comprendre les facteurs clés de l’amélioration du succès des organisations.

Transport d’aérosols dans des pièces avec ventilation de déplacement

La conception de la ventilation peut influencer le transport des aérosols infectieux dans les bâtiments ainsi que la consommation d’énergie du bâtiment. La ventilation par déplacement (DV) promet de réduire la transmission des aérosols et la consommation d’énergie. Stantec, un fournisseur de services professionnels de conception et de consultation en planification, en ingénierie, en architecture, en arpentage et en gestion de projet, a déjà étudié la VQ dans les chambres d’hôpital, mais ce travail n’a pas tenu compte de la nature transitoire des sources d’aérosols (toux et éternuements), ni de la physique du transport et de la transformation des aérosols humides. Ce Mitacs-Accélération le stage commencera par une analyse supplémentaire des mesures recueillies par la recherche précédente sur la VQ dans les chambres d’hôpital, suivie de mesures sur le terrain dans le Grand Vancouver, parallèlement à de nouvelles expériences fondamentales réalisées à l’Université de la Colombie-Britannique.

Intégration de la technologie à l’appui de la pratique infirmière : une initiative de la Saskatchewan

Ce stage mettra l’accent sur le potentiel des ordinateurs portatifs et des assistants numériques personnels (ADP) pour améliorer la qualité de vie au travail des infirmières grâce à l’adoption de la technologie pour améliorer l’accès à l’information et la pratique fondée sur des données probantes. Le projet est le cadre d’un partenariat entre le Collège des sciences infirmières de l’Université de la Saskatchewan et le All Nations' Healing Hospital de Fort Qu’Appelle. La participation à ce projet de recherche permettra à l’Hôpital de guérison de toutes les Nations d’étudier l’impact de l’introduction de ressources infirmières électroniques grâce à l’utilisation d’ADP et d’ordinateurs portables pour aider le personnel infirmier à accéder à des politiques et des procédures opportunes et à jour, ainsi qu’à des ressources sur les pratiques exemplaires. Le stage évaluera également l’impact de ce projet sur le soutien de soins de qualité aux patients et l’amélioration de la satisfaction au travail et à la vie personnelle des infirmières. Cette recherche contribue à cerner une lacune dans la recherche liée aux applications et aux répercussions des TIC dans le milieu de travail des soins de santé de la Saskatchewan.

Corrélats neuronaux des effets de l’image de marque et des préférences

Visualisation en temps réel et fusion de capteurs pour un écran de lunettes de sport d’action

Surveillance des conduites d’eau à l’aide de réseaux de capteurs sans fil

Le stagiaire travaillera en étroite collaboration avec Pressure Pipe Inspection Company, un fournisseur d’outils de gestion des infrastructures d’eau essentielles, pour développer un nouveau système de transmission de données sans fil. Les tâches comprendront 1) reconstruire le noyau Windows CE pour la programmation de communication ; 2) Programme de téléchargement de données basé sur Winsock ; 3) Le développement de logiciels de transmission de données entre les sites ; 4) Conception / Implémenter la fonction de commande à partir du nœud distant. 5) Testez le système de transmission de données sans fil. 6) Améliorer la stabilité du système sans fil.

Simulation de l’usure de l’outil de travail du sol à l’aide de la méthode des éléments discrets

Des échantillons préparés de différents métaux avec des géométries simples seront portés dans une opération de travail du sol en laboratoire. Les conditions de l’opération de travail du sol seront maintenues dans des limites définies (teneur en humidité du sol, compactage et texture du sol). À intervalles réguliers de déplacement, la quantité de matière retirée des échantillons pendant l’opération de travail du sol sera quantifiée. Le stagiaire MITACS ACCELERATE utilisera un logiciel dédié pour simuler le processus d’usure pendant l’opération de travail du sol et comparer les résultats de la simulation avec les données expérimentales. L’analyse comparative comprendra l’emplacement et les quantités de matières enlevées pendant le travail du sol. Une fois la précision du modèle confirmée, il peut ensuite être utilisé pour prédire la performance d’autres matériaux exposés au même environnement (ou à un environnement différent). Le modèle sera également en mesure de prédire la réponse des échantillons si le processus d’usure devait se poursuivre au-delà de la durée des essais expérimentaux.

Parvenir à une meilleure compréhension du processus d’optimisation du portefeuille

Les gestionnaires de fonds doivent choisir un portefeuille d’actifs à partir d’un groupe de titres afin d’équilibrer les objectifs contradictoires de maximiser le rendement du portefeuille et de minimiser le risque du portefeuille. Il existe de nombreuses approches élégantes de ce problème. Tous souffrent du même défaut – ils nécessitent tous des estimations du risque futur attendu et du rendement des titres constitutifs ainsi que des corrélations entre les rendements des paires de ces titres. De telles estimations sont difficiles à obtenir pour deux raisons : premièrement, les sociétés et les conditions du marché changent au fil du temps, ce qui fait que l’histoire passée n’est pas une indication de la performance future. Deuxièmement, les fluctuations quotidiennes des prix des titres ont tendance à être beaucoup plus importantes que n’importe quelle tendance quotidienne, ce qui rend l’estimation des corrélations des rendements des titres très difficile. Dans le cadre de ce projet, avec Mapleridge Capital Corp, une société de gestion de placements alternative, le stagiaire étudiera l’impact des incertitudes dans les paramètres sur le processus d’optimisation et développera des méthodologies robustes pour la sélection du portefeuille, en utilisant des techniques mathématiques, statistiques et informatiques.

Évaluation de la qualité des images médicales JPEG et JPEG2000 compressées

L’objectif de ce projet avec Agfa Healthcare, un fournisseur de solutions informatiques d’imagerie diagnostique et de soins de santé, est de développer des modèles mathématiques pour (i) l’évaluation et (ii) l’amélioration des images médicales compressées. L’augmentation rapide du volume de données générées par les nouvelles modalités d’imagerie (par exemple, scanner CT, IRM) nécessite l’utilisation de techniques de compression avec perte pour réduire le coût du stockage et améliorer l’efficacité de la transmission sur les réseaux. L’augmentation du degré de compression d’une image entraîne cependant une diminution de la fidélité. L’une des causes de cette erreur est l’introduction d’artefacts par la méthode de compression. De telles distorsions empêchent la capacité des radiologistes de faire des diagnostics confiants à partir d’images médicales compressées. Le stagiaire, en consultation avec les radiologistes, identifiera les caractéristiques importantes qui se dégradent à mesure que le niveau de compression augmente. En particulier, l’équipe de recherche étudiera les schémas de compression JPEG et JPEG2000. L’étape suivante, qui présente un intérêt particulier pour Agfa, consiste à utiliser ces informations pour concevoir d’autres schémas de compression, peut-être liés, qui ne dégraderont pas ces fonctionnalités à des niveaux de compression spécifiques. Un deuxième aspect fondamental de ce travail consiste à examiner l’utilisation de « mesures de la qualité de l’image » dans l’évaluation des images médicales compressées.

Rectification d’image pour les écrans stéréoscopiques 3D

La technologie vidéo 3D ou stéréoscopique est entrée dans une nouvelle ère. L’effet stéréoscopique 3D a toujours compté sur les spectateurs portant des lunettes spéciales pour permettre à l’image gauche et droite d’être vu par chaque œil respectif pour créer l’effet stéréoscopique de la profondeur. Certains acteurs de l’industrie ont commencé à étudier des moyens de créer un effet 3D sur l’écran ou l’écran qui ne permet pas à l’utilisateur de porter des lunettes. Spatial View Inc. devient un chef de file dans la recherche, l’avancement et le développement d’écrans stéréoscopiques qui peuvent être utilisés dans une variété de domaines d’application, du bureau de l’ordinateur, au cinéma maison, aux publicités grand écran aux téléphones mobiles et aux PDA. Ce stage se concentrera sur un aspect de cette recherche qui traite de l’identification des points dans les images des yeux gauche et droit pour aider à automatiser le processus de création d’une image stéréoscopique parfaite.