Prédiction des bactéries hôtes de phages grâce à l’analyse des profils de méthylation de génomes bactériens et viraux par apprentissage automatique.

L’objectif général du projet est le développement d’outils de prédiction des bactéries hôtes des phages par apprentissage automatique. Le premier objectif consistera à développer un prédicteur reposant sur les profils de méthylation dans les séquences métagénomiques bactériennes et virales, grâce à des réseaux de neurones avec des mécanismes d’attention, et des prédicteurs de similarité basés sur des ‘string kernels’. Chez les bactéries, la méthylation de l’ADN protège les cellules bactériennes de l’ADN envahissant. Il existerait cependant un nombre substantiel de génomes viraux méthylés par leur bactérie hôte, et donc partageant les mêmes profils de méthylation. Grâce à l’entraînement des algorithmes d’apprentissage automatique, nous espérons ainsi prédire les bactéries hôtes de phages. Le deuxième objectif sera de combiner, à partir d’un algorithme multi-vues, ce prédicteur à celui précédemment développé par l’étudiante, basé sur les données CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats), dans un prédicteur global dans le but d’obtenir de meilleures prédictions basées sur une diversité d’informations.

Faculty Supervisor:

Elsa Rousseau

Student:

Partner:

Université Grenoble Alpes

Discipline:

Computer science

Sector:

Education

University:

Université Laval

Program: