Protéomique fonctionnelle à haut débit pour les protéines de surface sur cellules souches embryonnaires de souris
La protéomique est une analyse à haut débit de la structure et de la fonction des protéines dans les systèmes biologiques. Notre analyse protéomique ciblant les glycoprotéines utilise la chromatographie liquide (LC) comme outil de séparation, en ligne avec la spectrométrie de masse (EM), comme analyseur pour identifier et quantifier les glycoprotéines et leur site de glycosylation. Dans une analyse typique, les protéines seront extraites d’échantillons biologiques, digérées enzymatiquement en peptides, et les peptides glycosylés enrichis chimiquement. Les glycopeptides N-liés seront analysés sélectivement via LC-MS. Des milliers de spectres peptidiques de la SEP peuvent être acquis en peu de temps et traités par des outils bioinformatiques pour déduire la structure et la fonction des protéines.
Ce projet se concentrera sur l’amélioration de la sensibilité de la méthode glycoprotéomique que nous avons déjà développée (Sun, et al., MCP, 2007). Des remèdes réussis seront déployés pour étudier les protéines membranaires des cellules mES. Notre laboratoire a une vaste expérience avec ces cellules, et nous avons à la fois des cellules mES à élimination génétique et hôte en culture. Les nouvelles connaissances acquises grâce à ces analyses sensibles nouvellement développées seront facilement évaluées par comparaison avec nos bases de données sélectionnées pour identifier les marqueurs protéiques spécifiques aux cellules souches. Les liens établis entre la topologie moléculaire de surface et les réseaux protéiques intracellulaires pourraient aussi nous offrir de nouvelles perspectives sur la biologie et la physiologie des cellules souches.
L’exécution de ce projet offrira aux étudiants des expériences pratiques sur tous les aspects de la technologie protéomique, y compris la chimie des protéines, les techniques de séparation par chromatographie liquide, la spectrométrie de masse en tandem et les compétences en analyse de données. Notre laboratoire possède également diverses techniques moléculaires et cellulaires, telles que la culture et les tests cellulaires de mammifères, les immunoessais, l’imagerie de fluorescence et les tests unicellulaires, qui peuvent être acquis pendant la formation. Les étudiants formés avec succès auront l’occasion de poursuivre le projet en tant qu’étudiants diplômés.
Voir la description complète du projetBingyun Sun
Université Simon Fraser
Stage de recherche Globalink