Modélisation de l’évolution du taux de Guanine-Cytosine des gènes chez les Vertébrés

L’objectif du stage est d’étudier la dynamique évolutive des gènes de Vertébrés à court terme et de la comparer à celle de substitution, afin de comprendre les forces évolutives et non évolutives modulant la structure de ces gènes. En particulier, comprendre les forces modulant le taux de Guanine-Cytosine en amont et en aval dans le corps de ces gènes. Il s’agira d’agréger des données génomiques de populations réparties dans le monde afin d’estimer la dynamique de maintien du pic de GC autour du TSS aux sites polymorphes. Nous utiliserons des sites polymorphes pour différencier les processus mutationnels liés à l’activité de l’ARN polymérase II et les biais de substitution tels que la sélection naturelle et la gBGC. Nous évaluerons la force de la gBGC en amont et en aval du TSS, ainsi que le rôle de la sélection naturelle. J’utiliserai des méthodes statistiques issues de la génétique des populations pour distinguer les rôles des mutations biaisées et de la réparation biaisée des gènes, de la conversion génique biaisée en faveur de G/C, et de la sélection naturelle. Nous développerons aussi un modèle informatique explicatif.

Faculty Supervisor:

Alexander Palazzo

Student:

Partner:

Université Paris Saclay - IOGS;L'Institut Agro Rennes Angers

Discipline:

Life Sciences

Sector:

Education

University:

University of Toronto

Program: