Prévision de structures moléculaires complexes au moyen de simulations de la dynamique moléculaire guidée par la spectrométrie de masse HDX – Partie II : généralisation et paramétrisation

La spectrométrie de masse couplée aux échanges deutérium-hydrogène (HDX) est une puissante technique expérimentale qui fournit d’importants renseignements sur la surface exposée à un solvant de systèmes moléculaires complexes, lesquels ne sont pas facilement obtenus par l’intermédiaire des technologies existantes. Cette technique peut être appliquée aux cas particuliers de petites molécules se liant à des systèmes de protéines, un élément très important de la compréhension et de la conception de composés thérapeutiques notamment des médicaments de chimiothérapie. Toutefois, la technique de la spectrométrie de masse HDX ne fournit pas d’information atomique de haute résolution, une lacune majeure de la méthode. Les techniques standard de la chimie computationnelle de simulation de dynamique moléculaire (DM) fournissent précisément les structures de haute résolution exigées. On se sert donc de simulations de DM couplées aux données HDX pour mettre au point une méthode de production de structures de haute résolution à partir de données de spectrométrie de masse HDX. Pour cette étape, les recherches effectuées en partenariat avec MDS Analytical Technologies, un des grands fournisseurs internationaux d’outils pour les sciences de la vie, prendront un cadre élaboré au préalable pour des simulations de DM et en feront la généralisation pour une nouvelle application à l’ensemble des protéines standard.

Faculty Supervisor:

M. Mariusz Klobukowski

Student:

Evan Kelly

Partner:

MDS Analytical Technologies

Discipline:

Chemistry

Sector:

Life sciences

University:

University of Alberta