The Chronicle Herald : Data seeds apple research

Sur papier, Vinetha Jagadeesan et Sean Myles, professeur à l’Université Dalhousie, sont des collaborateurs peu probables d’un projet visant à développer de nouvelles variétés de pommes.

Jagadeesan, 20 ans, est un étudiant de premier cycle en informatique du sud de l’Inde qui passe 12 semaines cet été en tant que stagiaire dans un verger de pommiers de haute technologie à Kentville.

Avant de mettre les pieds au Canada pour la première fois il y a six semaines, elle n’avait jamais posé les yeux sur un pommier.

« Je n’avais jamais vu de pommier auparavant parce que dans ma région du pays, il fait assez chaud et nous n’avons pas de pommiers », a déclaré Jagadeesan.

Et Myles, professeur adjoint à la faculté d’agriculture de l’Université Dalhousie, est, ironiquement, allergique aux pommes.

« Je trouve que j’ai en fait un avantage », a-t-il déclaré en riant. « Pour moi, quand je regarde le verger de 1 000 variétés, je ne vois pas toutes ces saveurs fascinantes et ce genre de choses, je vois des combinaisons de matériel génétique qui doivent être mélangées ensemble dans une combinaison spécifique pour générer quelque chose qui est souhaitable en fonction de ce que nous pouvons mesurer. »

Les 1 000 variétés de pommes du verger, en collaboration avec Agriculture Canada, sont toutes plantées en double exemplaire, avec plus de 2 400 arbres dans la collection.

Le fruit est récolté et des données sont collectées mesurant sa douceur, sa fermeté, son acidité, sa jutosité et son poids.

Jagadeesan passe un certain temps dans le verger, mais la majorité de son énergie est dépensée dans le laboratoire à développer des logiciels pour améliorer les capacités d’analyse de données du laboratoire en incorporant des codes à barres uniques, avec toutes ces informations numérisées et stockées.

« Si nous recueillons 10 morceaux de fruits de chaque arbre, cela fait plus de 25 000 morceaux de fruits chaque année que nous devons récolter et mesurer », a déclaré Myles.

« Cela fait beaucoup de données, et en les associant à notre base de données de séquences d’ADN, qui contient des milliards de points de données, nous voulons vraiment que ... aussi efficace que possible.

L’objectif ultime du projet est de développer des outils pour les sélectionneurs qui rendront la sélection de variétés améliorées plus efficaces, a déclaré Myles.

« Cela leur permettra de sélectionner la progéniture à partir de laquelle ils génèrent lorsqu’ils font des croisements, de pouvoir sélectionner les descendants les plus prometteurs, les gagnants qui sont susceptibles de réussir comme honeycrisp », a-t-il déclaré. « Nous voulons permettre aux éleveurs de les trouver plus facilement. »

Pour Jagadeesan, qui est à mi-chemin de son stage, l’expérience a été révélatrice.

« J’ai beaucoup appris sur la recherche et l’analyse des données et sur la façon dont les données sont gérées, comment elles fonctionnent », a-t-elle déclaré. « Et à part le travail, je n’ai jamais vécu de manière indépendante auparavant, alors j’ai juste appris à cuisiner ... tout est totalement nouveau pour moi. J’ai donc beaucoup appris ici.

Elle est l’une des 22 étudiantes internationales de premier cycle, originaires de pays comme l’Arabie saoudite, la France, la Turquie et le Mexique, qui travailleront à Dalhousie cet été dans le cadre du programme de stages Mitacs Globalink.

Depuis 2009, le programme a jumelé près de 2 000 étudiants de premier cycle à des universités canadiennes.

Cet été, 750 étudiants internationaux mènent des recherches dans 45 universités canadiennes, soit une augmentation de 58 % par rapport à l’an dernier.

« L’idée est de mettre les étudiants en contact avec les universités et les professeurs grâce à des projets de recherche particuliers », a déclaré Alejandro Adem, chef de la direction et directeur scientifique de Mitacs, dans une entrevue depuis Vancouver.

« Les universités canadiennes sont bien équipées pour accueillir d’excellents étudiants, elles ont d’excellents professeurs. Cependant, la compétition internationale pour attirer les meilleurs étudiants est toujours un défi parce qu’à l’échelle mondiale, il y a une concurrence de tous les grands pays qui essaient de recruter des étudiants diplômés.

Jagadeesan a déclaré qu’elle retournerait en Inde avec une impression positive de la Nouvelle-Écosse et qu’elle retournerait poursuivre ses études supérieures.

« Cela m’a donné une très bonne visibilité mondiale. J’ai l’occasion d’être témoin de la façon dont la recherche est menée ici.

Par : Remo Zaccagna

Balises :