Séquençage à haut débit au moyen d’un processeur graphique pour le reséquençage de courtes séquences

Le débit des séquenceurs de nouvelle génération est d’environ 20 à 90 millions de paires de bases par heure, et il augmente sans cesse. Pour comparer ces énormes volumes de données à des génomes de référence et réduire le temps de calcul, on utilise les outils actuels de mappage pour faire la lecture de clusters. Bien que l’usage des clusters réduise la durée du calcul, leur coût est considérable. On doit faire un compromis entre la durée et le coût du calcul. L’objectif de ce projet est de réduire la durée du calcul tout en en réduisant le coût. La tâche consiste à caractériser toutes les séquences par rapport au même génome de référence et d’effectuer cette tâche en parallèle pour caractériser plus d’une séquence à la fois. Les processeurs graphiques semblent une technologie prometteuse à cet égard. Dans le cadre du projet, nous appliquerons notre algorithme de séquençage à un processeur graphique. Les résultats permettront d’assembler le génome ou de découvrir des variations structurelles.

Faculty Supervisor:

M. Cenk S. Sahinalp

Student:

Faraz Hach

Partner:

BC Cancer Agency

Discipline:

Computer science

Sector:

Life sciences

University:

Simon Fraser University