Certaines caractéristiques des lésions cutanées pigmentées ou naevus signalent la présence du cancer. La texture (variation spatiale de la couleur/de l’intensité) fait partie de ces caractéristiques répertoriées. Ce travail de recherche vise à quantifier cette information de texture afin d’améliorer le rendement des méthodes de diagnostic automatique du mélanome. À l’heure actuelle, les dermatologues sont […]

Au Canada, le lymphome non hodgkinien (LNH) est le 5e cancer de par sa fréquence et son incidence ne cesse de progresser d’année en année. Malheureusement, on sait fort peu de choses sur les causes de son incidence croissante, bien qu’elle soit probablement due à des combinaisons de facteurs génétiques et environnementaux. Ce stage en […]

Ce stage servira à élaborer des outils et à résoudre des problèmes algorithmiques liés aux séquences courtes obtenues grâce aux technologies de séquençage à capacité élevée (les nouvelles technologies de séquençage du génome humain). La résolution du problème aidera les chercheurs en biologie et biologie moléculaire à utiliser ces nouveaux outils afin de trouver des […]

Traditionnellement, la variation de la génétique humaine a toujours été étudiée au niveau du polymorphisme d'un nucléotide simple (PNS). Or, il est évident que la variation de la génétique humaine va bien au­delà du PNS. De nouveaux projets visant à identifier sa variation structurelle ont été lancés en utilisant les technologies de séquençage à capacité […]

Le débit des séquenceurs de nouvelle génération est d’environ 20 à 90 millions de paires de bases par heure, et il augmente sans cesse. Pour comparer ces énormes volumes de données à des génomes de référence et réduire le temps de calcul, on utilise les outils actuels de mappage pour faire la lecture de clusters. […]

Non-Hodgkins Lymphoma (NHL)is the 5th most common cancer in Canada and its incidence has been increasing steadily every year. Unfortunately, little is known about the causes of the increased incidence, although it is likely that some combinations of genetic and environmental factors are involved. This internship with the BC Cancer Agency will examine genes that […]

There are certain features of skin lesions or moles that are indicative of cancer. Texture (spatial variation of colour/intensity) or patterns is known to be one of these features. This research seeks to quantify this textural information in order to improve the performance of methods to automatically diagnose melanoma. Currently, dermatologists are very proficient at […]

Human genetic variation has been traditionally studied at the single nucleotide polymorphism (SNP) level. It is clear that, human genetic variation extends beyond single nucleotide polymorphism. New projects aimed at identifying structural variation have been initiated through the use of high throughput sequencing technologies. Although the new sequencing technologies produce short reads with respect to […]

This internship will be developing tools and solving algorithmic problems related to short read technologies (the new technologies of sequencing the human genome). The problem being solved will help the biology and molecular biology researchers to use these new tools to find variations between different individuals. This will be very important step in realizing the […]

The throughput of next-gen sequencers is about 20 to 90 million base pairs per hour and increasing. To map this huge volume of data to reference genome and reduce the computation time, current mapping tools are installed on the clusters. Although using a cluster reduces the computation time but the cost of having such a […]

Fast structural variation (deletion, insertion and inversion) detection between genome of different individuals is the main goal of this project. The internship team is planning in extending new algorithms to reduce the number of false positive calls (especially for deletions) and to parallelize it using Graphics Processing Unit (GPU). The standard approach implementation of the […]

There is a pressing need to apply genomics-based tools for rapidly evaluating the impact of industrial and municipal waste management practices and climate change. In order to do this, information about the genome from relevant North American species is needed, yet acquiring these complex genome sequences had been cost and resource prohibitive until recently. Working […]